Liegen die mp4 im gleichen Verzeichnis wie die ts?
Ich frage deshalb, weil ich mal ein ähnliches Problem hatte. Die Lösung war, das sich ein Freigabename im Netz geändert hatte und PMS deshalb nicht mehr darauf zugreifen konnte. Es wurden vielen Videos angezeigt, aber eben nicht alle. Es waren alle die betroffen wo sich der Freigabename geändert hatte.
Also .ts ist schon mal das ungünstigste Format für Plex... Ich würde dir raten diese umzuwandeln... spart dazu viel Platz. Die Öffentlich rechtlichen blasen Ihre HD Streams künstlich auf...
Ich lasse meine .ts Dateien immer vom TS-Doctor überarbeiten, dann ist der Overhead weg und hatte bis heute keine probleme mit .ts und Plex.
Dateien sind von 3 verschiedenen Enigma Boxen und im schnitte wurden die mit TS-Doctor 10-20% kleiner man kann auch gleich die zweite Tonspur mit enfernen.