Das ganze bedeutet für mich dass ich jedes mal komplett die Plex Installation von der Synology deinstallieren muss und auch manuell den Plex Ordner.
Zu dem Problem selber kann ich nichts sagen. Da muss ich selber wohl noch ein paar DSM-Updates abwarten und schauen wie es sich verhält. Aber die komplette Deinstallation ist doch Quatsch. Reicht doch wenn du die Bibliotheken löschst.
Ich kenne diesen Effekt auf meiner Syno nicht und ich habe seit letztem Jahr jedes DSM Update mitgemacht. Du kannst Dir im pbrigen due Dateizuordnung in der Weboberfläche unter der Info Funktion anschauen. Einfach mal überprüfen unt Notfalls die Library aktualisieren.
Welche Rechte hat den Dein Plex User, hast Du die verändert?
Hm, die Updates laufen bei mir fast ohne Probleme. Was mir nur aufgefallen ist, dass nach den Updates die Zugriffsrechte immer über den Haufen geworfen werden. Ich habe auf das Plex Verzeichnis meinem Benutzer Schreib- und Leserechte vergeben, damit ich die Filme in das Plex Verzeichnis legen kann. Diese Berechtigungen fliegen immer nach Updates des DSM oder von Plex raus. Aber das Plex die Zuordnung verliert, klingt dann schon ach einem schwerwiegenden Datenbank Problem. Sofern Deine DS nicht rappel voll ist, dann würde ich sie mal komplett auf externe Platten sicher und dann auf Werkseinstellungen zurücksetzen. (Kann Dir aber nicht versprechen, dass das Problem behoben ist)
Ich kann Dir nur eines sicher sagen, dass das beschriebene Problem bei meiner DS415+ nicht existiert und dass sie fast 15,8 TB an Material verwalten muss und auch ohne Probleme kann.