Filebot ist völlig getrennt von Plex.
Was du dort als Ziel einstellst, interessiert Plex nicht die Bohne. Du musst also selbst dafür sorgen, dass Filebot in den richtigen Ordner schreibt.
Welche Ordner Plex seinerseits nach Medien durchsucht, ist in den Eigenschaften der einzelnen Mediatheken festgelegt.
Ich kenne mich mit Synology nicht so aus, ich erinnere mich aber, dass man auf keinen Fall die von Synology vordefinierten “Medien”-Ordner benutzen sollte.