Komplette Plex-Datenbank plötzlich auf Default zurückgesetzt

Einstellungen - Server - Mediathek - ‘Papierkorb nach jedem Scan automatisch leeren’
muss aus sein, sobald deine Medien nicht auf internen Festplatten direkt im Server liegen.

Das Beste was du jedoch machen kannst, ist deine Medien Plex-konform zu benennen und zu organiseren, so dass sie beim erneuten Einlesen keinerlei Korrektur erfordern.