Olá, tudo bem?
Você tem diversas opções para organizar sua biblioteca, porém eu gostaria de dar uma sugestão para você.
Os 2 exemplos que você falou poderiam ser mais robustamente feitos da seguinte forma:
Aqui você pode usar os próprios filtros dentro do cliente Plex, nesse caso, o de gênero:
Aí apresentará apenas os filmes que pertencem ao gênero selecionado.
Confira mais informações sobre o assunto nesse artigo: https://support.plex.tv/articles/200392126-using-the-library-view/
Para isso, o ideal seria criar uma coleção (ou dependendo do caso, uma lista de reprodução).
Ao editar um filme que deseja colocar na coleção, vá em Tags e então em Coleções, e nomeie como quiser.
Aí aparecerá no menu horizontal a página de Coleções

É bem interessante dessa forma, pois você pode customizar bastante a aparência, escolher o poster, a imagem de fundo, até uma descrição para todo conjunto.
Leia mais sobre isso aqui: https://support.plex.tv/articles/201273953-collections/
Caso você deseje ter os filmes em uma ordem específica que não seja por título ou ano, ou deseja mesclar também episódios de séries, o ideal seria uma lista de reprodução, aí é possível organizar a ordem como quiser.
No caso da Marvel mesmo, é bem útil no caso de querer assistir de forma cronológica, ou também querer juntar com as séries, fica bem interessante.
Uma outra alternativa ainda é não se limitar em apenas uma biblioteca de filmes; você pode ter várias. Nos seus exemplos, me parece mais ideal o que sugeri acima, mas caso veja necessidade, ter múltiplas bibliotecas é muito útil!
No meu caso, tenho uma apenas para filmes infantis, que são filmes com classificação indicativa livre e estão dublados.
Leia mais sobre isso aqui: https://support.plex.tv/articles/200288926-creating-libraries/
Forte abraço!