Wenn die Dateien immer gleich aufgebaut sind (d.h. immer die gleiche Anzahl Audio und Untertitelspuren und die Abfolge ist immer exakt gleich), dann habe ich evtl was für dich.
Allerdings nur für Windows. Das habe ich mir grob zusammengeschustert aus Skripts die ich hier und anderswo entdeckt habe.
Du brauchst MKVtoolnix
Dann machst du dir eine Batch-Datei setlangs.bat. Diese kopierst du in den jeweiligen Ordner mit den Dateien und führst sie aus. Vorher musst du sie an die Aufgabe anpassen.
for %%f in (*.mkv) do (
echo %%~nf
"C:\Program Files\MKVToolNix\mkvpropedit" --edit track:v1 --set language=jpn --set flag-forced=0 --edit track:a1 --set language=jpn --set flag-forced=0 --edit track:a2 --set language=ger --set flag-forced=0 --edit track:s1 --set language=ger --set flag-forced=1 --edit track:s2 --set language=ger --set flag-forced=0 "%%~nf.mkv"
)
Wir schauen uns das letzte Kommando mal genauer an:
mkvpropedit verändert den Header einer MKV Datei direkt, d.h. ohne dass die Datei neu gemuxt wird. Das geht rasend schnell. Das bedeutet aber auch, dass du für deine ersten Experimente besser an Kopien deiner Dateien arbeitest 
--edit track:v1 ist die Einleitung für die erste Editierfunktion
Hier wird die (erste) Videospur ausgewählt
(Es ist unüblich, dass es mehrere Videospuren pro Datei gibt, trotzdem geben wir hier die 1 an.)
Das nachfolgende --set language=jpn ändert lediglich die Sprachinformation in ‘japansich’ für die Videospur. (Japanisch deswegen, weil in Anime üblicherweise alle Texte, Schilder und Credits im Bild in japanisch erscheinen. Wenn man statt dessen einen Anime mit “eingebrannten” deutschen Untertiteln hat, sollte man hier besser ‘deutsch’ setzen.)
--set flag-forced=0 löscht das ‘forced’ Flag von der Videospur.
Das ist mehr eine kosmetische Operation, da dieses ‘forced’ Flag praktisch keinerlei Auswirkungen hat bei Ton- und Videospuren.
Dennoch gibt es gewisse Leute, die es sinnloserweise immer wieder setzen.
Dann wird die erste Tonspur ausgewählt --edit track:a1 (a für Audio)
Wieder wird die Sprache auf japanisch gesetzt und das ‘Forced’ Flag gelöscht.
--edit track:a1 --set language=jpn --set flag-forced=0
Dann folgt die zweite Tonspur a2, die auf ‘deutsch’ gesetzt wird:
--edit track:a2 --set language=ger --set flag-forced=0
Dann folgen die Untertitelspuren.
Die erste Untertitelspur s1 (s für ‘subtitle’) enthält die ‘forced’ Untertitel in deutsch. (Das ist für Übersetzungen von Schildern etc im Bild in Kombination mit der deutschen Tonspur)
--edit track:s1 --set language=ger --set flag-forced=1
Die zweite Untertitelspur s2 enthält die ‘kompletten’ Untertitel in deutsch. Das ist wenn man Originalton mit Untertitel schauen möchte.
--edit track:s2 --set language=ger --set flag-forced=0
Die Batch-Datei ist auch nochmal in Anhang.
Nachbemerkung zu forced Untertiteln: Der Name ‘forced’ ist grob irreführend und ist zu einem großen Teil mitverantwortlich für den falschen Einsatz des ‘forced’ Flags.
Wesentlich einleuchtender wird die Funktion des Flags wenn du statt dessen den Namen “Untertitel für fremdsprachigen Dialog und Schilder” verwendest.
Und nach diesem Kriterium solltest du auch das ‘forced’ Flag in deinen Dateien setzen. Verwende das forced Flag nur für diese Sorte Untertitel. Niemals für ‘komplette’.
Im Anhang ist auch noch eine zweite Batch Datei remux_to_mkv.bat die du zum Remuxen von AVI oder mp4 Dateien in MKV benutzen kannst. Auch hier musst du die Sprachparameter anpassen, je nachdem wie die Quelldateien aufgebaut sind.