У меня организация несколько плохо применимая к нашим реалиям, но пашет всё на Centos 6.x (что было ошибкой из за всплавающих теперь проблем с SSL).
Торрент клиент rTorrent, вебка к нему ru-Torrent. Основная автозагрузка организована через autoDL-irssi, плагин для irssi - клиента IRC, который слушает анонс бота на трекере и читая данные из плагина для веб морды торрент клиента применяет фильтры.
В наших реалиях обновляемых раздач и повального использования PHP-BB на трекерах - не применимо. По сути пашет только на трекерах на базе gazelle и ещё некоторых. Что покрывает 100% моих интересов впрочем (BTN, What.cd, PTP и т.д.). От чего правда библиотека сериалов на 80% только на английском.
Для тех редких случаев, что надо цеплять что-то наше, то в вебке стоит плагин проверки обновляемых раздач на паре трекеров (Rutracker_check), что по сути качает торрент раз в час и контрольные суммы сравнивает, для остальных редких случаев - встроенный плагин RSS.
В остальном все сезонные папки из библиотек засимлинканы в одно место и в них уже складывается всё скачанное клиентом.
Анонс, если интересно выглядит как-то так : 
В заблюренные линки вставляются пасс кей и ещё что-то из настроек плагина, качается торрент и передается в клиент с указанными папкими и настройками.
Фильтры в вебке выглядят примерно так : 



А сама вебка как-то так : 
Фильмы заливаю вручную. Харды покупал медленно, по сему в пул не обьединял, ибо когда менял хард доставать его из пула был тот ещё геморрой, хотя в следующий раз, когда всё менять буду, может и подумаю над всем этим опять. В плексе всё по стандарту, за исключением двух библиотек фильмов, с одним и тем-же наполнением, в одной метаданные на русском, в другой на английском. Включаю только одну из двух, в зависимости от родного языка юзера или предпочтений 
Ах ну и ручная загрузка торрертов либо через вебку, но обычно просто в папки (папка где всё происходит замонтирована в винде по самбе 2) за которыми следит торрент клиент (одна для всего, одна для музыки, одна для сезонов и т.д.), что автоматом раскидывает в одну из трёх папок, откуда уже потом вручную.