Wenn vor dem Start der Synchronisierung ein Untertitel ausgewählt wird (z.B. in der Web App), dann wird der eingebrannt.
Wie @tom80H schon erwähnte, kannst du dir das manuelle Aktivieren des Untertitels sparen, sofern du die Spracheinstellungen passend setzt (und sofern die Ton- und Untertitelspuren in deinen Dateien ordentlich mit Sprachinformationen versehen sind).
