Es ist eine Einschränkung im Linux Kernel. Die Speichermenge die im Kernel für das Monitoring von Ordnern (also die Prüfung ob es eine Änderung darin gab) reserviert wird ist begrenzt. Wenn es mehr und mehr Ordner werden, ist irgendwann Schluss.
Ich habe selbst keine Syno, darum kann ich dich nur auf die englische Anleitung verweisen. Evtl. kannst du ja mit den Screenshots darin was anfangen.
Die Warnung ganz am Ende ist auch einen Blick wert:
WARNUNG:
Aufgrund der Art und Weise, wie Synology diese Funktion verwaltet, wird dringend empfohlen, NUR die Dateien in Ihre Medienordner zu platzieren, die in Plex auftauchen sollen.
Es wurden Fälle gefunden, in denen „Sample“- und „Example“-Dateien enthalten waren oder der Medienspeicher unnötige zusätzliche Ordner enthielt.
Bitte verwalten Sie Ihre Medien mit Sorgfalt.