Klassiker wären Probleme bei der Organisation/Benennung der Dateien, was dazu führt, dass Plex mehrere Dateien als unterschiedliche Qualitäten des selben Films zusammenfasst.
Du kannst deine Mediathek z.B. nach Duplikaten filtern, um zu sehen, welche Einträge deiner Mediathek mit mehreren Dateien verknüpft sind.
Plex wird aber auch Dateien ignorieren, die nicht zum Mediatheken-Typ passen (z.B. wenn eine Datei dem Namensschema für TV-Episoden entspricht, wird sie nicht in einer Film-Mediathek katalogisiert).
Was manchmal auch zu Irritationen führt ist der Umstand, dass Plex anzeigt, wieviele Einträge in der aktuellen Sicht angezeigt werden… nicht die Anzahl von Filmen oder Dateien. Das wird besonders interessant, wenn du deine Mediathek so eingestellt hast, dass sie die Filme in Sammlungen organisiert. Wenn du z.B. 17 Marvel-Filme in einer Sammlung bündelst, zeigt die Hauptansicht der Mediathek dafür nur 1 Eintrag an.