Mal eine dumme Frage, hast Du mal den "Papierkorb" geleert?
Ansonsten nutze mal dieses Programm: http://www.jgoodies.com/downloads/jdiskreport/ Da kannst Du das Programm auch direkt über Java starten ohne Installation und nachsehen wo die Dateien sind.
Ich tippe mal darauf das auf dem NAS was falsch eingestellt ist.
habe die HDD jetzt aus dem Synology rausgenommen, an meinen Win7 PC angeschlossen und mit dem Tool Paragon ExtFS for Windows kann ich nun auf alle Ordner zugreifen.
Alle Dateien sind in einem Ordner @Cloudstation\@sync\repo wo lauter Ordner von 1-9 und a-z vorhanden sind.
Glaube jetzt auch nicht mehr dass es an Plex lag.
Deshalb glaube ich bin ich für ein "Warum, wieso" im falschen Forum.
Wenn mir trotzdem jemand einen Tipp geben kann, dann Danke.