Es un tema de permisos.
En Linux:
Yo copiaba archivos de un disco duro externo (ntfs) al disco del ordenador y la biblioteca ni se enteraba.
Cambie los permisos desde la terminal de esa carpeta copiada con chmod 777 -R [carpeta]
y se puso a indexar todo.
Ahora me queda conseguir lo que decia el compañero de cambiarle los permisos al disco duro externo y que se monte al inicio.