Es kann passieren. Zwar enthält der Server einen Schutzmechanismus, der beim Wegfallen eines kompletten Laufwerkes automatische Entfernungen verhindern soll. Aber unter Linux kann man nicht so leicht erkennen dass es sich um komplette Laufwerke handelt, da ja letztendlich alle Datenspeicher im selben Rootverzeichnis als Unterordner eingehängt werden.
Genau das.
Wenn es hier um die Nachwirkungen des Wegfalls von Video Station geht: man sollte den von Synology vordefinierten Ordnern am besten komplett ausweichen, wenn man Plex installiert. Siehe: Synology FAQ - Questions, Answers, and How-To's Q6
Wenn das Kind bereits in den Brunnen gefallen ist, kann man mit dem Wiederherstellen eines Datenbank-Backups vermutlich einen Großteil retten: https://support.plex.tv/articles/202485658-restore-a-database-backed-up-via-scheduled-tasks/