Este problema parece que tiene ya unos años y aun no hay solución. Al parecer ocurre con subtitulos externos. Aquí te dejo algunos hilos:
Al retroceder unos segundos el video, los subtitulos siguen funcionando hasta el final del video.
¿Te pasa con subtitulos externos o también con los subtitulos que están dentro de los videos?
¿Has probado con ver Plex desde Kodi?
Puede que el problema se encuentre en la transcodificación de los subtitulos o en el propio reproductor de Plex.
