El TimeCapsule solo lo puedo conectar por red, la toma USB es para añadir otros dispositivos (discos, impresoras). De todas formas ya he probado reproduciendo desde el HD interno del mini y nada. Las ultimas pruebas que he realizado:
No depende de la version del SO ni de la version de Plex
He probado en otro mac mini y mas de lo mismo
No es conflicto de software, ya que solo esta el SO pelado con Plex
Si conecto un monitor por RGB no se aprecia el problema
En windows 7 (instalado con Boot Camp) con MPC-HC funciona bien
Por lo tanto el problema es cuando solo se usa la salida digital convertida a HDMI (720p 50Hz en mi caso). Pero no he encontrado solución de momento