Mit dem Referenzwerkzeug für MKV MKVtoolnixGUI
Eine Datei vorerst auszuschließen geht nicht. Du kannst die Erzeugung nur global und pro Mediathek generell unterbinden.
Das Gegenteil ist möglich: starten per Kommandozeile für genau ein Video
(https://support.plex.tv/articles/201242707-plex-media-scanner-via-command-line/ - --force --index --item XXXX , where XXXX is the item ID) oder ein “Plex Dance”.
Die ID bekommt man aus der Plex XML info
die Zahl in den Properties ratingKey="... oder key="...
